Từ thế kỷ thứ 11 trước Công nguyên, nhà nước cổ đại của người Do Thái đã ra đời ở vùng đất Palestine. Vào thế kỷ thứ 8 TCN, các quốc gia của người Do Thái bị tiêu diệt, Palestine lần lượt nằm dưới sự cai trị của các Đế chế Assyria, Đế chế Babylon, Đế chế Ba Tư, Đế chế La Mã trong hàng thế kỷ sau đó, trước khi người Hồi giáo Ả Rập chiếm được khu vực này vào thế kỷ thứ 8. Palestine trở thành một phần của Đế chế Ottoman từ giữa thế kỷ 16.

Khởi nguồn của cuộc xung đột Ả Rập-Do Thái đã bắt đầu từ cuối thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20, với sự ra đời của các phong trào chủ nghĩa dân tộc Ả Rập vả chủ nghĩa phục quốc Do Thái, cả hai đều hướng tới mục tiêu giành được độc lập từ Đế chế Ottoman và thành lập một quốc gia có chủ quyền cho dân tộc của họ ở khu vực Trung Đông. Với sự gia tăng của chủ nghĩa bài Do Thái ở Châu Âu, một làn sóng di cư của người Do Thái tới Palestine đã diễn ra từ đầu những năm 1880. Sau thất bại của Đế chế Ottoman trong Thế chiến thứ nhất, Palestine đã trở thành một vùng lãnh thổ ủy trị của Anh vào năm 1918.

Amin al-Husseini, lãnh đạo của phong trào dân tộc Ả Rập tại Palestine, đã coi làn sóng nhập cư của người Do Thái vào Palestine là kẻ thù lớn nhất trong sự nghiệp đấu tranh giành độc lập của người Ả Rập, ông ta đã khởi xướng các cuộc bạo loạn quy mô lớn chống lại người Do Thái vào đầu năm 1920 ở Jerusalem và năm 1921 tại Jaffa. Năm 1929, một loạt các cuộc bạo loạn chống Do Thái đã được các nhà lãnh đạo Ả Rập khởi xướng. Các cuộc bạo loạn này đã dẫn đến thương vong lớn của người Do Thái tại Hebron và Safed, buộc người Do Thái phải sơ tán khỏi Hebron và Gaza. Một cuộc bạo loạn đẫm máu của người Ả Rập đã diễn ra vào năm 1936 nhằm chống lại sự cai trị của Anh và chống lại làn sóng nhập cư của người Do Thái, song bị quân đội Anh dập tắt. Người Do Thái và người Ả Rập gây sức ép kêu gọi người Anh trao trả độc lập cho họ, cả hai cũng đều tuyên bố chủ quyền đối với toàn bộ vùng đất Palestine và không chấp nhận phân chia lãnh thổ. Với sự bùng nổ của Thế chiến thứ hai, tình hình căng thẳng ở Palestine đã phần nào dịu xuống, người Do Thái và người Ả Rập tạm thời hợp tác với nhau, đứng về phía phe Đồng minh. Tuy nhiên, một số người theo chủ nghĩa dân tộc Ả Rập cực đoan như al-Husseini có xu hướng hợp tác với Đức Quốc xã, ông ta đã tham gia thành lập một bộ máy tuyên truyền ủng hộ phát xít và chống Do Thái trên khắp thế giới Ả Rập. Vào cuối Thế chiến II, một làn sóng nhập cư mới vào Palestine của những người Do Thái sống sót sau cuộc thảm sát Holocaust ở châu Âu đã khiến cho mâu thuẫn giữa hai bên bùng phát trở lại. Người Anh đã thực hiện chính sách hạn chế người Do Thái nhập cư, khiến cho phong trào đấu tranh của người Do Thái chống lại người Anh ở Palestine trở nên quyết liệt. Áp lực quốc tế cũng gia tăng kêu gọi Anh trao trả độc lập cho người Do Thái.

Vào ngày 29 tháng 11 năm 1947, Đại hội đồng Liên Hợp Quốc đã thông qua Nghị quyết 181 (II), thực hiện kế hoạch phân chia vùng đất Palestine thành một nhà nước của người Ả Rập và một nhà nước của người Do Thái, trong khi thành phố thánh Jerusalem được đặt dưới sự quản lý quốc tế. Người Do Thái nhanh chóng chấp nhận kế hoạch này, song người Ả Rập lại phản đối và đòi hỏi chủ quyền của họ đối với toàn bộ Palestine. Tuân thủ theo nghị quyết của Liên Hợp Quốc, người Do Thái đã chính thức tuyên bố thành lập nhà nước Israel vào ngày 14 tháng 5 năm 1948, cả hai siêu cường là Hoa Kỳ và Liên Xô đều ngay lập tức công nhận nhà nước mới này chỉ sau chưa đầy một tiếng đồng hồ. Trước tình hình đó, các nước Ả Rập đã đem quân xâm lược Israel, dẫn đến Chiến tranh Ả Rập-Israel 1948. Cuộc chiến tranh này đã gây ra khoảng 15.000 thương vong và kết thúc với phần thắng thuộc về Israel. Theo thỏa thuận ngừng bắn và đình chiến được ký kết giữa hai bên vào năm 1949, hầu hết các vùng lãnh thổ tại Palestine được phân chia cho người Ả Rập theo Nghị quyết 181 (II) đã bị sáp nhập vào Israel, trong khi Jordan sáp nhập Bờ Tây và Ai Cập chiếm lấy Dải Gaza. Đồng thời Israel cũng sáp nhập Tây Jerusalem, còn Đông Jerusalem tạm thời được đặt dưới quyền kiểm soát của Jordan. Bị mất toàn bộ lãnh thổ, một làn sóng di cư khổng lồ của người Ả Rập tại Palestine sang các quốc gia láng giềng đã bùng nổ trong thời gian này.

Trong những năm 1950, Jordan và Ai Cập ủng hộ các cuộc tấn công khủng bố xuyên biên giới của lực lượng phiến quân Fedayeen vào lãnh thổ Israel, buộc Israel phải tiến hành các động thái đáp trả. Cuộc khủng hoảng Suez năm 1956 dẫn đến sự chiếm đóng ngắn hạn của Israel đối với Dải Gaza, tuy vậy biên giới cũ đã được khôi phục không lâu sau đó. Vào năm 1964, Tổ chức Giải phóng Palestine (PLO) được thành lập bởi Yasser Arafat. Năm 1967, các nước Ả Rập lên kế hoạch xâm lược Israel lần thứ hai, với mục đích tự vệ Israel đã mở một chiến dịch tấn công phủ đầu vào cả ba nước Ả Rập là Syria, Jordan và Ai Cập, diễn đến sự bùng nổ của cuộc Chiến tranh Sáu ngày. Kết thúc cuộc chiến, Israel đã chinh phục được Bờ Tây (bao gồm cả Đông Jerusalem), Dải Gaza, Cao nguyên Golan và Bán đảo Sinai, đánh dấu một thất bại nặng nề dành cho khối Ả Rập.

Sau cuộc chiến Sáu ngày, Tổ chức Giải phóng Palestine (PLO) buộc phải tháo chạy sang Jordan, nơi vua Hussein đã cung cấp các căn cứ và nơi trú ẩn cho họ. Tuy vậy đến năm 1970, PLO bất ngờ phản bội Hussein và quay sang chống lại ông trong sự kiện đẫm máu được gọi là Tháng Chín đen tối. Thất bại trước quân đội chính phủ Jordan, PLO lại phải di dời đến Nam Lebanon, nơi đây đã được PLO sử dụng làm căn cứ để tiến hành các cuộc tấn công khủng bố vào miền bắc Israel cũng như các chiến dịch không tặc trên toàn thế giới. Một trong những hành động khủng bố khét tiếng nhất của các nhóm phiến quân Palestine trong thời gian này là vụ bắt giữ và giết hại 11 vận động viên Israel tại Thế vận hội Olympic năm 1972. Bên cạnh đó, những phần tử khủng bố Palestine còn chịu trách nhiệm trong vô số các cuộc tấn công đáng chú ý khác, chẳng hạn như vụ không tặc chuyến bay Sabena 571 và vụ thảm sát ở sân bay Lod.

Trong cuộc Chiến tranh Yom Kippur năm 1973, các lực lượng quân sự của Ai Cập và Syria lại tấn công Israel nhằm tái chiếm các vùng lãnh thổ bị mất trong chiến tranh Sáu ngày, song cuộc xâm lược này tiếp tục thất bại trước sự phản kháng mạnh mẽ của Israel. Để chứng tỏ thiện chí hòa bình, Israel đã trả lại Bán đảo Sinai cho Ai Cập theo Hiệp định Hòa bình David Camp năm 1978, với hy vọng thiết lập một nền hòa bình thực sự ở Trung Đông. Tuy vậy những hi vọng về việc lập lại hòa bình đã tan vỡ sau vụ thảm sát Coast Road được tiến hành bởi PLO cũng trong năm đó, khiến nhiều dân thường Israel thiệt mạng. Sau vụ việc nhóm vũ trang ANO của Palestine ám sát hụt một nhà ngoại giao Israel vào năm 1982, Israel đã đáp trả bằng việc mở một cuộc tấn công toàn diện vào Lebanon. Các nhóm vũ trang của Palestine bị đánh bại nhanh chóng trong vòng vài tuần, và trụ sở của PLO đã được sơ tán đến Tunisia vào tháng 6 theo quyết định của Yasser Arafat. Phong trào Intifada đầu tiên của người Palestine nổ ra vào năm 1987. Đến đầu những năm 1990, các nỗ lực quốc tế để giải quyết cuộc xung đột đã bắt đầu, nhờ vào thành công của hiệp ước hòa bình Ai Cập - Israel năm 1982. Hiệp định Oslo năm 1993 đã cho phép PLO di dời khỏi Tunisia và thành lập Chính quyền Quốc gia Palestine ở Bờ Tây và Dải Gaza. Tiến trình hòa bình đã vấp phải sự phản đối đáng kể từ các nhóm Hồi giáo cực đoan của Palestine, tiêu biểu là Hamas, những kẻ đã ngay lập tức khởi xướng một chiến dịch khủng bố nhắm vào người Israel.

Sau nhiều năm đàm phán không thành công, cuộc xung đột đã nổ ra thành Intifada lần thứ hai vào tháng 9 năm 2000. Bạo lực đã leo thang thành một cuộc xung đột mở giữa Lực lượng An ninh Quốc gia Palestine và Lực lượng Quốc phòng Israel, kéo dài trong suốt những năm 2004-2005. Sau khi cuộc đấu tranh chính trị nội bộ ở Palestine giữa 2 phe là Fatah và Hamas nổ ra vào năm 2007, Hamas đã nắm quyền kiểm soát hoàn toàn khu vực. Căng thẳng giữa Israel và Hamas leo thang cho đến cuối năm 2008, khi Israel triển khai chiến dịch Cast Lead tại Gaza, dẫn đến hàng ngàn thương vong dân sự và thiệt hại hàng tỷ USD. Đến tháng 2 năm 2009, một lệnh ngừng bắn đã được ký kết với sự tham gia hòa giải của cộng đồng quốc tế, mặc dù những cuộc giao tranh lẻ tẻ giữa hai bên vẫn tiếp diễn. Ngày 29 tháng 11 năm 2012, Nghị quyết số 67/19 của Đại hội đồng Liên Hiệp Quốc được thông qua, nâng cấp Palestine lên vị thế "nhà nước quan sát viên phi thành viên" tại Liên Hiệp Quốc. Việc thay đổi vị thế này được mô tả là công nhận thực tế chủ quyền quốc gia của Palestine.